Questa è stata una zona di Venezia tra le prime a essere colonizzate e si ritiene che una chiesa esistesse già nel IX secolo, ma l'unico dato certo è che nel 1021 la chiesa subì una totale ricostruzione. Nel quattrocento l'architetto Mauro Codussi aggiunse alla struttura preesistente della chiesa un porticato sulla facciata laterale, la sacrestia, e la cappella della famiglia nobile Corner. Nel 1575 la chiesa venne ricostruita quasi completamente: vennero riutilizzati i muri portanti e salvati parte degli affreschi trecenteschi e la cappella Corner. Incaricato dell'opera fu Alessandro Vittoria. Quando nel 1489 Caterina Corner, regina di Cipro, donò i suoi posseddimenti alla Repubblica di Venezia portò con sè la salma di Sant'Ametisto, santo cipriota e la fece tumulare nella chiesa, tanto cara ai suoi antenati. Lei stessa venne tumulata ai Santi Apostoli, quando morì il 10 luglio 1510, per doja di stomaco. Nel 1575 però, quando la chiesa venne riedificata anche il suo corpo venne spostato nella chiesa di San Salvador, dove tuttora si trova, malgrado la sua volontà fosse di riposare nella chiesa dei Santi Apostoli. Il campanile è del 1672 ma venne finito da Andrea Tirali nel XVIII secolo, che progettò la cella campanaria e la cuspide. | 
